Diz-se que a origem da alheira remonta aos fins do século XV e princípios do século XVI e está associada à presença dos judeus em Trás-os-Montes.
Por não comerem carne de porco, os judeus não faziam nem fumavam os habituais enchidos, sendo assim facilmente identificáveis pela Inquisição. Decidiram assim pegar noutros tipos de carnes e envolvê-las numa massa de pão para criar a alheira. A receita acabou por se popularizar entre os cristãos, que lhe acrescentaram a carne de porco.